太过使用未经无害化处置惩罚的粪便会危害农作物、土壤、地表水和地下水水质。在某些情形下(通常是新鲜粪便)有烧苗征象;大宗使用粪便也能引起土壤中消融盐的积累
，使土壤盐分增高
，植物生长受影响。据报道
，1999年在非洲有31%的牧场因畜禽粪便污染导致土壤爆发盐渍化
，土壤肥力下降。

新鲜禽畜粪便（也叫生粪）
，没有经由发酵腐熟
，直接施用
，会在土壤中举行自然发酵
，爆发热量
，爆发许多问题：

1、熏染病虫害

家畜农家粪中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫
，直接使用会导致病虫害的撒播
，作物发病
，对食用农产品的人体康健也爆发影响；未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时
，容易滋生病菌与虫害的爆发。

2、施入土壤二次发酵导致烧苗

发酵不充分的家畜农家粪施到地里后
，外地温升高抵达发酵条件时
，便最先发酵
，若发酵部位根部较近
，且作物植株较小
，发酵爆发的热量会影响作物生长导致烧苗
，严重时导致植株殒命。

3、导致果树烂根
，黑根

家畜粪普遍是强酸性肥料（PH值为3.6~4.7）
，因此在果园里施用酸性家畜粪
，易造效果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、黄化病
，严重时导致植株殒命。

4、易爆发毒气危害

生粪在剖析历程中易爆发甲烷、氨等有害气体
，使土壤和作物爆发酸害和根系损伤
，更主要的是爆发的乙烯气体有抑制根系生长的作用
，也是烧根的主要缘故原由。

5、土壤缺氧

生粪中有机质在剖析历程中易消耗土壤中的氧气
，使土壤暂时性的处于缺氧状态
，会使作物生长受到抑制。

6、肥效缓慢

未发酵腐熟的家畜粪中
，养分多为有机态或缓效态
，不可被作物直接吸收使用
，只有剖析转化成速效态
，才华被作物吸收使用。以是未发酵直接施用使肥效减慢。

7、重金属超标危害

重金属是指比重大于5的金属
，约有45种
，包括铅（Pb）、镉（Cd）、汞（Hg）、铬（Cr）、铜（Cu）、锌（Zn）、镍（Ni）等。砷（As）虽不属于重金属
， 但因其泉源以及危害都与重金属相似
，故通常列入重金属类举行研究讨论。重金属在畜禽粪便中的积累量与畜禽的种类有关
，统一种类中
，重金属含量又与畜禽的年岁、畜禽粪便的处置惩罚方法等因素有关
，但最终取决于饲料添加剂以及在防治畜禽病害中一些微量元素的使用量。

随着集约化、规；骋档目焖偕
，一些重金属元素等被普遍应用于饲料添加剂
，加之微量元素在动物体内生物效价很低
，大部分都随畜禽粪便排放到情形中
，给生态情形造成重大的压力。当这种含有大宗重金属的畜禽粪便恒久施用于农田时
，可造成土壤的重金属污染
，其中的重金属元素在土壤-水-植物系统中积累转化
，并最终通过食物链对人体康健造成威胁Ｉ杏薪隙嗟募に夭辛
，造成农产品重金属超标
，给食物清静、农业工业的可一连生长埋下隐患。

8、保存使用未便、效率低等问题

生粪未经处置惩罚
，不易运输
，体积大
，有用因素低
，使用本钱高。有机物向腐殖质转化的时间较长
，养分流失严重。